최근 과학기술의 위상이 급신장하고 연구개발(R&D) 예산도 GDP대비 5%에 육박하고 있는 가운데 국가 R&D 기획과 평가 체제를 높아진 위상에 걸맞게 재점검해야 한다는 주장이 제기됐다.　 참여연대시민과학센터(소장 김동광)는 최근 안국동 참여연대에서 ‘국가 과학기술개발 기획 평가의 문제점에 대한 좌담회’를 갖고 과기부 산하 한국과학기술기획평가원(KISTEP)과 산자부 산하 한국산업기술평가원(ITEP), 정통부 산하 정보통신연구진흥원(IITA)을 주무부처에서 독립하고 이들 기관을 통합 ‘국가과학기술평가원’을 신설할 것을 국가과학기술위원회에 제안하기로 했다고 밝혔다. 김동광 소장은 “최근 ITEP 연구원이 내부 고발을 통해 국가 연구개발 사업의 기획과 평가 과정의 비리와 유착 등의 문제점이 드러나면서 국가연구개발 사업의 기획 평가 시스템을 개선하자는 목소리가 높아지고 있다”며 “연 5조8000억원 규모로 커진 R&D 예산을 공정하고 투명하게 감시하는 체제 정립이 시급하다”고 주장했다. 이와 관련 ITEP 선임연구원들은 최근 커먼레일 개발 과제 선정 예를 제시하며 R&D 과제 선정 및 평가시 금품수수, 주식취득 등의 비리 의혹과 관련 공무원의 외압의혹을 제기한 바 있다.　 또 그동안 R&D 사업자 선정시 담당 공무원이 평가위원회에 참석, 평가의 공정성 여부를 의심 받아왔으며 R&D 과제 선정에만 집중하고 사후 평가관리에는 무관심해 상용화로 이어진 기술은 12%에 불과하다는 지적을 받아 왔다.　 국민대 김환석 교수는 “G7사업, KSTAR사업 등 과거 정권의 국가 R&D 기획 사업에 대한 평가가 미흡, 성과가 없었다는 비판이 있었다”며 “현재의 평가 시스템을 개선하지 않으면 현재 신성장동력 육성사업도 기획과 예산 집행만 있고 성과는 미진한 결과를 초래할 위험이 있다”고 말했다.　 좌담회 참석자들은 “현재 과기부의 경우 산하에 KISTEP이 있고 산자부와 정통부는 각각 ITEP과 IITA라는 부처별 자체 기술 평가원을 두고 있다”며 “사실상 이들 산하기관의 인사와 예산 등을 주무 부처가 쥐고 있어 독립된 기술기획 평가에 한계가 있다”고 지적했다. 이에 대해 ITEP의 한 관계자는 “전문위원제 도입, 외부평가단 운영, 선임급 이상 재산등록 등을 통해 직원의 비리 여지를 근본적으로 제거하는 등 오해 소지를 없애는 작업을 진행 중”이라며 “기존 제도의 수정 보완을 통해서도 충분히 공정하고 투명한 R&D 평가가 가능할 것”이라고 말했다.